中国科学院新疆理化技术研究所（简称：新疆理化所），是于2002年3月28日在原中国科学院新疆物理研究所（简称新疆物理所）和新疆化学研究所（简称新疆化学所）的基础上整合成立。2002年5月10日，经中国科学院院长办公会议讨论、原则上通过了《新疆理化技术研究所试点工作方案》，进入中国科学院知识创新工程试点单位。
原中国科学院新疆物理和新疆化学研究所，都是在1957 年成立的中国科学院新疆分院物理和化学实验室的基础上，于1961年11月1日成立的中国科学院新疆分院物理和化学研究所。两所走过了时聚时散、时乱时治，从起步到腾飞发展的曲折道路
新疆理化所的成长和发展，在每一个历史时期都离不开国家、中国科学院、自治区党委、政府和新疆科学分院、自治区有关部门的关怀、支持和帮助。党、国家和中国科学院、自治区的新、老领导同志都曾多次亲临视察、指导工作。给了我们巨大的鼓舞和鞭策。国内许多著名的科学家和旅居国外有影响的华裔科学家对研究所学科的形成、发展和确立都倾注了大量的心血。
各民族的科技人员在研究所筹建和成立初期，以国家、新疆的经济、社会的发展需要为己任，在极其简陋、艰苦的条件下，一切从“零”起步，克服了重重困难，以自己的青春做代价，用辛勤地劳动和汗水，默默地奋斗着拼搏着。学科建设和科研工作始终坚持为国家航天、安全建设、特别是为新疆少数民族地区经济建设、社会、科技事业进步和人才培养服务。取得了一批高效益、高水平、独具特色的研究成果。也与新疆的山山水水和各民族人民建立起了血肉相关的骨肉之情，为自治区培养、输送了一大批领导干部和科技、教育骨干人才。走出了一条在相对边远、经济落后的少数民族边疆地区，快速、健康发展的道路。并做出了应有的重要贡献
1983年，汪猷学部委员曾赋诗句以“加木精神留榜样，善明事业得公平”，赞许彭加木、陈善明二位先生对原新疆化学所筹建和学科建设等做出的贡献。60、70年代，原新疆物理所在庄顺昌、严荣良先生的带领下，完成了多项重大项目任务，不仅为新疆理化所如今仍在国内占有重要地位的材料物理和固体辐射物理学科的建立和发展，而且为我国热敏电阻等替代进口，打破国外的封锁，实现国产规模化和产业化都做出了突出的贡献。
原新疆物理和化学所改革起步都较早，作为中国科学院“改革试点研究所”和“人事制度综合配套改革”和“技术开发型整体转制”试点单位，在较短的时间内就从求生存走上了快速发展地道路，科研、开发工作保持着较好的上升势头，成为了中国科学院在我国西北地区重要的研究开发基地。也为新疆理化所整合成立，进入院知识创新工程打下了坚实的基础。
新疆理化所的整合成立是中国科学院知识创新工程战略部署的重要决策，也是进军“西部大开发”的重大战略部署。新疆理化所始终坚持以“创新科技、建设边疆”为宗旨。
确立的战略定位和目标使命：以创新高技术成果、专利、专有先进技术与产品服务于新疆国民经济建设和社会发展，并做出实质性的贡献。（1）为新疆从资源输出大区向特色产品深加工基地转化的进程中，提供若干重要的核心技术；（2）在新型功能材料、生物（植物）资源化学领域，研究工作达到国内先进水平，能够自主开展国际交流与合作；（3）为新疆高新技术产业的发展起到示范作用；（4）成为自治区人才培养基地，引领新疆科技发展与进步；（5）成为中国科学院各高技术研究所，在西部大开发中进军新疆乃至中亚地区的“桥头堡”和技术创新、发展、转移的基地。要发展成为西部高技术领域一流的研究发展基地。
根据新疆地区经济和社会发展战略及市场需求，确立的重点学科领域为：生物（植物）资源化学和材料科学技术。重点在能源、新材料、资源深度加工、信息技术方面建立高技术创新和集成的平台，同时依据国家安全需求在辐射物理、特种传感器等领域开展研究工作。
建立起了自治区重点实验室“新疆植物资源化学实验室”，与国家级乌鲁木齐市经济技术开发区共建了自治区级“新疆精细化工工程中心”。与北京大学药学院、中国科学院上海药物所、江南大学食品学院共建了“中亚地区可食植物功能成分联合实验室”。
是新疆物理、化学、自动化、生物化学、核学会的理事长挂靠单位。
1957年7月，中国科学院新疆分院筹委会成立，原新疆物理和化学研究所的筹建者们开始了“白手起家、艰苦创业”的筹建过程。一批来自祖国五湖四海的科技、管理人员带着对祖国的忠诚、对科学事业的挚爱，来到了新疆这片虽然贫穷但广阔美丽、资源富饶的土地上。他们知道党的需要就是他们的志愿，新疆的发展需要科学技术。在极其简陋、艰苦的条件下，默默地奋斗着、奉献着。
1958年，经自治区党委批准，分院筹委会从自治区有关厅、局、高等院校抽调一批政治、业务素质较好的同志，送往中国科学院在北京、兰州的有关研究所和西安、上海的有关大专院校培训、学习，为筹建新疆分院各研究所培养人才。这批同志陆续从1959年底至1961年初陆续返疆。
1958年9月16日，新疆维吾尔自治区党委结合本地经济建设的需求，批准新疆分院筹委会筹建石油、化学、物理等5个研究所。
在中国科学院和自治区党委、人民委员会的支持和领导下，分院筹委会确立“一边筹建、一边开展研究工作”的方针。1958年，中国科学院新疆分院筹委会的化学实验室筹建工作得到中科院上海生化所大力协助，由彭加木、陈善明二位先生来疆主持筹建。根据陈善明先生50年后的回忆：“我在1958年调来新疆参加分院化学所的筹建工作，当时生活条件和工作条件都十分艰苦，住的是土坯房子，烧的是煤炉，生活用水要到水站上去挑，废弃的水要用水桶抬出去倒掉，冬天烧火墙要经常掏烟灰，弄得满身都是黑灰。当时的新闻联播要隔两三天才能看到。飞机到乌鲁木齐要两天，第一天到兰州，第二天才到乌鲁木齐，那时火车还没有通到乌鲁木齐。工作环境更是十分简陋，初来时什么都没有，从制作试验台至安装水电，购买仪器设备、药品等。在一切从头做起的过程中，开始了科研工作并逐步走上了正规”。
1959年，上海生化所王应睐、周光宇、曹天钦等老一辈科学家相继来疆，对新疆化学所研究室的建设、研究方向的确立和科技人员的培训作了筹划和指导。1960年，在化学实验室的基础上，成立了生物化学实验室、无机和分析实验室。建立了中国科学院新疆分院筹委会物理研究室(即新疆物理所的前身)，当时主要开展锗的提取，锗单晶提纯和锗二极管的研制工作。
1959年，自治区党委批准分院成立物理研究所、化学研究所、人造卫星观测站和图书馆等研究机构和辅助单位。
1960年4月1日，经中国科学院第二次院务会议通过并报国家科委批准，中国科学院新疆分院成立。
1960年8月23日，新疆分院向中国科学院呈报了《关于建立中国科学院新疆分院乌鲁木齐物理研究所计划任务书》。
1961年11月1日，中国科学院批准成立“中国科学院新疆分院物理研究所”和“中国科学院新疆分院化学研究所”等。新疆物理所分设原子能、半导体、计算技术、自动化、放射化工等专业组和风能利用站。主要从事新技术在工农业生产上应用的研究及半导体器件设备的研究。新疆化学所成立时有无机、生化、半导体化学和技术4个研究室、组。后经精简和调整，研究力量整合为生化研究室和中心化验室。
新疆物理所成立后不久，接受了中国科学院力学研究所移交的风能利用研究项目，同时代管中国科学院南京天文台乌鲁木齐人造卫星观测站和新疆科学仪器厂。研究室、组、站调整为：原子能研究室、半导体研究室和计算技术研究组、人造卫星观测站等。
1966年5月，我国进入了“文化大革命”十年动乱时期，职工参与了“全国大串联”的活动。1967年“一月革命夺权”后，新疆分院机关陷入瘫痪。3月15日后，军队介入地方政权管理，新疆军区先后几次派军宣队进驻新疆分院机关及下属的研究单位，代替分院各级组织行使领导权。
1970年5月，经自治区革命委员会批准，新疆分院物理和化学研究所也相继成立了“三结合”的“革命委员会”。革命委员会主任都由军代表担任，副主任分别由革命干部代表和群众两派组织的负责人共3人担任，委员则由群众组织代表各1人担任，设政工组、业务组和总务组。
1970年7月15日，中国科学院报请国务院批准，撤消了新疆分院，将分院所属的研究机构全部下放给自治区管理，研究所名称也分别改为“新疆维吾尔自治区物理研究所”和”新疆维吾尔自治区化学研究所”。同年9月，新疆维吾尔自治区革命委员会决定：将自治区科委、科协和科学分院3个领导机关合并改为“新疆维吾尔自治区科技局”，原属新疆分院的新疆物理、化学研究所归自治区科技局（后又改为自治区科委）领导。
1972年，原“乌鲁木齐人造卫星观测站”改为中国科学院和新疆维吾尔自治区双重领导，紫金山天文台为业务归口单位，日常工作仍由新疆物理所代管。原来由新疆分院统一管理的的财务、器材、行政事务开始由交由新疆物理、化学研究所自行管理。
1975年，新疆物理所、新疆化学所革委会决定职能部门由组恢复到科建制，即下设办公室、政工科、业务科。
在新疆物理、化学研究所下放自治区领导期间，基本完整地保留了原有的人员和设备，并继续组织开展进行了相应的科学研究工作。也为新疆物理、化学研究所后来的重建和学科的建立和发展积蓄了力量。
1976年10月6日，一举粉碎了“四人帮”，结束了“文化大革命”10年动乱。1977年，复出后的邓小平同志主动要求主管科技和教育工作，提出“科学技术就是第一生产力”的著名论断。特别是党的十一届三中全会召开以后，明确把党的工作重心转移到社会主义现代化建设上来，广大科技工作者终于迎来了“科学的春天”，新疆物理和化学研究所的科研、开发事业也进入快速恢复和调整时期。
1977年10月30日，新疆维吾尔自治区党委致函中国科学院，要求恢复中国科学院新疆分院。中国科学院向国务院呈报了“关于恢复新疆分院的请示”。得到党中央、国务院的高度重视。同年11月27日，党中央、国务院正式批示，同意中国科学院新疆分院自1978年3月1日起恢复。
随着新疆分院的恢复，这一时期，中国科学院实行院、所两级管理体制，各研究所的业务（包括学科方向、科研任务）分别由中国科学院有关学部指导，其它工作均由新疆分院直接领导。1978年9月29日，经新疆分院与自治区协商，并报请中国科学院批准，恢复了“中国科学院新疆物理研究所”、“中国科学院新疆化学研究所”等7个分院所属业务单位。回归后的院属研究所等，名称上省去了下放以前原名称“中国科学院新疆分院ⅹⅹ研究所”中的“分院”2字。这标志着新疆物理和化学研究所又重新回到了中国科学院，也预示着管理体制也将发生了变化。
1979年，新疆物理所、新疆化学所分别成立了党委（以前均为党支部)，党的组织、管理工作也发生了根本的改变。1984年4月，分院党委同意两所职能机构改科设处：即由原来的办公室，政工科、业务科改设为：办公室、人事处，计划条件处。
1983年5月5日，新疆物理所呈报了《关于改革、整顿工作方案》，得到了中国科学院和新疆分院的批准，被列为中国科学院改革试点所之一。新疆物理所在改革、整顿过程中，先后成立了新疆传感器仪表公司、新疆大通电子高技术公司、新疆计算机控制工程公司和新疆热缩材料有限公司等4个开发实体，成功走出一条科技开发的道路。新疆分院其它所、站也先后依此进行改革，建立起了科技开发机制。
由于院属新疆各研究机构在回归之前的级别均为县团级，新疆分院一直作为一个典型的基地性分院发挥着作用，在实际工作中还实行着中科院、分院、研究所三级领导体制。1985年4月10日，中科院下发文件，确认设在新疆的研究机构和中国科学院的二级领导体制一致，新疆分院作为中国科学院派出机构，代表中科院领导设在新疆的研究机构。
1986年，在党中央发布《中共中央关于科学技术体制改革的决定》后，新疆物理和化学研究所在中国科学院的统一部署下，相继实行所长负责制，并逐步推行课题核算责任制，扩大研究所和课题组的自主权，促进科技事业进入了影响深远地发展时期。
1990年2月5日，经中国科学院与新疆维吾尔自治区党委、人民政府协商，自治区人民政府政函 “关于中国科学院新疆物理所等的待遇问题的复函：“同意新疆物理所、新疆化学所等按二级局（副厅局）对待，干部配备、文件发送，参加会议并按有关规定办理”。
1995年1月27日，新疆维吾尔自治区机构编制委员会《关于新疆物理研究所等四所级别问题的批复》和中国科学院科发计字(1994)0325号《关于商请新疆维吾尔自治区正式行文确认四个研究所级别的函》的精神。确认新疆物理研究所等4个研究所级别相当于厅局级。研究所领导职数为3—4人。这样，新疆物理、新疆化学研究所级别升格，与中国科学院院、所两级体制的要求相符合，充分体现了自治区党委和人民政府对中科院驻新疆研究所的关心和支持。
1992年6月，中国科学院批准新疆物理所《关于劳动工资和人事制度试点工作方案》。被列为中国科学院“扩大劳动工资和人事制度改革”50个试点单位之一。改革从实行专业技术职务分级，实行工资总额包干，管理人员职员职级制，工人考工定级。初步打破了长期存在的“大锅饭”和平均主义，初步解决了“人浮于事”的问题。同时，出台了职工管理、奖金分配、职务岗位津贴、专业技术职务分级及套定、岗位职责、工人考核定级等等一系列规章制度。
1995年6月22日，中国科学院人字(1995)18l号文《关于新疆物理所等继续实行人事、分配配套改革的批复》，新疆物理所人事、分配配套改革工作经验经院考评小组验收合格，同意继续实行工资总额包干，劳动工资和人事制度改革继续深化。行政管理改革初步实现了管理与服务职能分离，中层干部全部实行了“聘任制”，管理部门按任务、职务、目标重新定岗，完成了职员套改。专业技术职务也实行了按需设岗、按岗聘任。
1996年，新疆化学所经过对新疆经济发展需求的分析及审视我所自身的工作性质和能力，提出了 “为地方经济服务的国家队”及“应用开发类研究所” 的定位。受到了中科院有关领导的高度重视。
1997年，按照中科院政字(97)001号文《关于研究所自选评价尺度的通知》要求，新疆物理所自选为：应用研究和开发与产业化。同时，对专业技术职务人员全面实行《聘任责任书”》制度。新疆化学所也确定了“为地方经济服务的国家队”和“应用开发类研究所”的战略定位。
1997年7月10日，新疆物理所在向中科院上报的《关于改革进程的汇报》中，确定了战略定位：以应用开发为主，有显著学术技术特色，应用基础，应用开发，高新技术企业相互衔接，相互支撑有“国家队”水平，主要为相关行业和新疆优势产业服务的小而精综合性研究所。
1998年5月，新疆化学所被列为中国科学院技术开发类研究所的转制试点单位之一。希望新疆化学所努力改变运行机制，选准有限目标，以中科院为强大的技术为后盾，通过自身努力，做出为国家与区域真正有显示度的工作，以市场为导向，要为地方经济做出直接地贡献。成为中科院向西进行技术转移的“大平台”和“桥头堡”。同时研究所拟订的“关于深化改革的试点方案”。进一步确立了战略定位、发展模式及配套的改革措施。
1999年，新疆物理所在改革试点和人事、劳动工资配套改革的基础上，又实行了“全员劳动合同制”聘用和聘任工作。初步打破了长期存在的“大锅饭”和平均主义和解决了“人浮于事”的问题。新疆物理所改革的成功经验，也推动了新疆分院其它研究所、站相继进行的同类改革。
新疆化学所也在技术开发类研究所转制试点改革上，进行了学科方向、人才结构的调整，对组织机构也进行了必要的调整，制定了相应的改革措施和管理办法，强化了激励机制，加强了科学管理，加快了全成本核算的步伐，逐步推进了全员劳动合同制及技术经济目标责任制工作。
2000年，新疆化学所面对党中央“西部大开发”战略决策的实施，围绕着自治区党委提出的“一黑一白”的优势资源转化战略，完善了应用技术开发型研究所的社会功能定位。提出以市场为导向，以中国科学院为强大的技术后盾，，做出为新疆资源特色不可替代的研究和成果转化工作；强调和培养竞争意识、能力和行为，使“支撑学科”具有国内、外先进水平和生产和经营知识产权，成为市场中一支活跃的力量。
2000年1月，原新疆物理和化学研究所加强了两所重大工作联系和协调，建立起了定期互通情况制度，确定了各分组正、副组长和具体工作人员。确定两所近期主要工作是：拟定和完善两所整合方案，做好组织学习、传达上级领导重要讲话，统一两所职工的思想和行动。
2000年4月30日，中国科学院副院长江锦恒同志对新疆物理和化学研究所进行了考察，对两所联合重组的意义和目标做了重要讲话，并前往自治区党委与书记王乐泉，副书记、自治区人民政府主席阿不来提·阿不都热西提等领导同志交换了意见。10月25日，自治区党委召开了第7次书记办公会议，形成的《纪要》中指出：“面对实施西部大开发战略的历史机遇，中国科学院新疆分院又立足新疆资源优势，及时调整科研机构和研究方向，进一步加大植物化学、新材料方面的应用研究，加快科技成果向现实生产力转化的步伐，必须为自治区经济快速发展做出积极贡献”。“自治区各级党政和有关部门要大力支持中国科学院新疆分院的工作，相互配合，加快科技进步和技术创新，以高新技术武装我区的优势产业，特色产业，发挥 优势，实现生产力跨越式的发展”。
2001年7月11日，新疆分院组织召开了两所职工大会，宣读了《中国科学院关于新疆物理研究所和新疆化学研究所整合的通知》（科发计字[2001]258号），决定成立以中国科学院副院长江绵恒为组长的“中国科学院新疆物理研究所与新疆化学研究所整合领导小组”。《通知》对两所整合的意义、原则、整合工作组的任务以及整合后新所的名称都做了明确的阐述。宣布两所的整合工作进入了实质性地全面推进阶段。成立了“中国科学院新疆物理与化学研究所整合工作组”。工作组下设文化宣传、科研统计、财务自审、规章清理、园区建设5个工作小组。
2001年8月8日，工作组基本上通过了《新疆物理与新疆化学研究所整合方案》，着手进行《新疆理化技术研究所知识创新工程试点方案》的编写工作。8月9日，中国科学院杨伯龄副院长在新疆物理与化学研究所“领导班子述职大会”上，做了“认清形势、理顺思路、加速两所整合”的重要讲话。
2001年9月28日，新疆分院、两所整合工作组在北京向中国科学院副院长江绵恒等，就《新疆物理和化学研究所整合方案》进行了汇报。江绵恒副院长对两所整合工作做了重要指示。11月 5日，就《新疆物理和化学研究所整合方案》，向自治区科技厅领导做了详细、全面的汇报。
2002年3月28日，召开了“中国科学院新疆理化技术研究所成立大会”，全国人大常委会副委员长、中国科学院院长、党组书记路甬祥为新所题词“创新科技、建设边疆”。中国科学院副院长江绵恒、新疆维吾尔自治区党委副书记、常务副主席王金祥为“中国科学院新疆理化技术研究所”揭牌。江绵恒副院长代表中国科学院在大会上讲了话。这是中国科学院党组实施国家知识创新工程，进行研究所结构调整，更好地为实施“西部大开发”战略服务的一项重大的决策部署。
新疆理化技术研究所在原物理所和原化学所的基础上，通过对学科的重新调整，优化资源配置，实现了合理学科布局，优势互补，重点在面向新疆国民经济和社会发展在生物资源、能源、材料深度加工以及信息技术方面的需求，开展在这些领域的高技术创新并带动和发展高新产业，为区域经济发展与结构调整提供有力的技术支持。随着构建新疆特有生物资源的名特药物开发高技术平台、糖脂肪酸脂表面活性剂中试、“数字新疆”关键技术研究、抗辐射加固共性关键技术研究、极端环境条件下的特种传感器研制等重大项目和一批高技术产业化目标的实施，进入中国科学院知识创新工程的条件逐渐成熟。
2002年3月，“新疆植物资源化学实验室”（实验室编号：XJYS0204），被自治区人民政府认定为自治区重点实验室。自治区科学技术厅批复，由新疆理化所、乌鲁木齐经济技术开发区联合建立的“新疆精细化工工程技术研究中心”，进入“首批自治区工程技术研究中心组建项目名单”。
2002年4月1日完成了首次岗位竟聘工作，开展完成了职能处室领导（包括财务主管），知识创新工程研究员、副研究员、助理研究员及支撑系列和管理岗位的上岗竟聘工作。
2002年5月10日，中国科学院院长办公会议讨论，原则上通过了《新疆理化所知识创新工程试点方案》，批准新疆理化所进入中国科学院第二批知识创新工程试点单位。确定新疆理化所以高新技术创新及产业化为目标，立足于为新疆经济发展和支柱产业服务。
2002年5月24日召开的首届一次职工代表大会，审议、通过了“中国科学院新疆理化技术研究所知识创新工程试点方案（简要）的有关说明”，统一了全所各族职工思想和行动。
2002年5月28日，中国科学院科发技字（2002）183号“关于新疆理化技术研究所知识创新工程全面推进阶段试点方案的批复”，原则上同意新疆理化所提交的“知识创新工程全面推进阶段试点方案”。正式启动了知识创新工程试点工作。
《批复》确定新疆理化所的总体目标为：根据新疆经济和社会发展的战略需求和市场需求，重点开展在能源、新材料、资源深度加工、信息技术方面的研究；加强化学与物理学科交叉及与其它学科交叉的高技术创新研究；吸纳院内外科技力量和成果，建立高技术创新和集成的平台，经过不懈的努力，将新疆理化技术研究所建设成为具有区域特色的、促进地区高技术产业发展的基地，为新疆的人才培养、资源增值和新兴产业的发展做出有显示度的贡献。
2002年7月16日，中国科学院下达了“知识创新工程试点工作任务书”明确：依据新疆经济建设的战略需求和研究所自身的优势方向，在新型功能材料、生物（植物）资源化学等方面与国际广泛交流形成区域优势，成为有特色的研究所。
研究所要成为中国科学院各研究所在西部大开发中进军新疆的桥头堡和技术创新、发展、转移的基地。
2004年2月17日中国科学院人教局（科发人教函字[2004]18号《关于新疆分院科学仪器研制中心移交新疆理化技术研究所有关问题的批复》，同意新疆分院关于新疆分院科学仪器研制中心，整建制移交新疆理化所的建议方案。交接后的新疆理化所园区总面积达到49533.4平方米。
2006年2月6日，院长办公会议讨论，原则上通过了《新疆理化所创新工程三期工作方案》。审定意见认为：新疆理化所创新二期以来，完成了原新疆物理研究所和新疆化学研究所的整合，以资源化学、材料物理与化学、信息与控制技术等高技术领域研发为主体，对区域学科的发展起到重要作用，为新疆经济建设做出了贡献。在地区特色资源研究与开发、信息化建设、电子元器件防辐射损伤技术和民族药研制等方面取得可喜进展。基本完成创新二期各项目标。
2006年10月16日，新疆理化所与中国科学院签署了《知识创新工程三期工作任务书》明确：新疆理化所的科技创新活动主要围绕新疆特色资源深度开发，注重科技创新性与新疆经济发展的战略需求相结合，为新疆经济不断做出实质性贡献。在涉及国家安全领域，部署辐射物理和特种敏感材料的研究。围绕新疆区域经济的发展，成为院在西部大开发中进军新疆的“桥头堡”和技术创新、集成、转移的基地，发展成为西部乃至中亚一流的高技术研究所。
原新疆物理研究所1959年，建立了中国科学院新疆分院筹委会物理研究室。主要进行锗的提取、锗单晶提纯、锗二极管的研制工作。
1961年11月1日，“中国科学院新疆分院物理研究所”正式成立。研究室、组设置有：原子能研究室，半导体、计算技术研究组。初期就接受了中国科学院学研究所移交的风能利用研究项目，同时代管乌鲁木齐人造卫星观测站和新疆科学仪器厂。主要从事新技术在工农业生产上应用及半导体器件设备的研究。
建所后仅几个月的1962年，为贯彻党中央“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，全所共精减、下放、调整到其它单位人员近50%。中国科学院对人卫系统也进行了调整，乌鲁木齐人造卫星观测站人员也精简了60%到，归中国科学院人造卫星观测办公室直接领导，新疆物理研究所仍为代管单位。
原新疆物理所始终坚持为国家经济建设、为边疆建设服务，一直作为科研学科的主要方向，从建所初期就始终坚持把握着这个方向。
建所初期，缺少学科导师的指导，就把学科的确立,建立在了依靠群众，调查研究 、学术争论、民主集中的各个决策程序基础上，摸索着一步一个脚印地前进，一步一个台阶地攀登，逐步确立和发展起了研究所的学科方向。
1963年初，在组织查阅资料、调研、参观、访问的基础上，在我国老一辈著名科学家林兰英、王守武和张家骅等先生的建议下，确定了半导体敏感陶瓷材料和核技术应用为主要研究方向。成立了原子能应用和半导体2个研究室。研究方向和主要任务为：开展核辐射与同位素在工农业上的应用和研究、制造半导体热敏电阻（钴、镍、锰系金属氧化物测控温型）。
1963年11月31日，向中国科学院和新疆分院呈报了《中国科学院新疆分院物理研究所关于开展半导体热敏电阻研究工作及近5年内主要任务、初步安排意见的报告》，正式开展了热敏电阻的研究工作。
从研究所筹建、成立到“文化大革命”开始前的1996年初，主要从事了 2Mev静电加速器的安装、调试；熔炼、提取锗；γ一液面自动控制仪；γ探伤技术应用；测温热敏电阻温度计的试制等工作。研究所有仪器设备386台，折合固定资产金额78．79万元，其中主要有：2Mev静电加速器、单晶炉、高频炉、Y-D辐射仪、毫伦计、脉冲产生器等大型设备。
（2）“文化大革命”10年(1966年～1976年)
1966年2月14日，中国科学院新技术局(66)新研字第0114号文，向新疆物理所—下达了“651—82”项任务，即我国《东方红1号》卫星温度测控热敏电阻的研制任务，具体用途为卫星在空间运行或地面试验时测控温度。1966年3月，半导体研究室成立了庄顺昌同志为组长的由“651 - 82”项任务命名的 “651”课题组。
1967年，经党中央批准，国家科委决定再度攀登珠穆朗玛峰。中国科学院组织了相应的科学考察，新疆物理所派出1名同志，携带能实行远距离、遥控多点的半导体热敏电阻温度表2台及路线考察用单点半导体热敏电阻温度计参加了考察活动。
1970年5月， “新疆维吾尔自治区物理研究所革命委员会”成立后。撤消了研究室、组的建制，设为4个班，即一班(原原子能研究室)、二班(原计算技术研究组)，原半导体研究室被分为：三班(651组)和四班(大功率管组)。
从1971年开始，为适应和满足当时新疆经济发展对电子技术的需求，新疆物理所在原有的计算技术研究组和大功率组中抽调出部分人员，开始进行电子技术应用的研究工作。分别承担了自治区“电视差转机”研制、“单晶炉大会战”和“仿制SB—10型示波器”任务等。
1975年，新疆物理所革委会决定恢复研究室建制。下设：同位素应用研究室、电子技术研究室和半导体器件研究室。
（3）原中国科学院新疆物理研究所恢复建立以后（1977 – 2001年）
1977年，研究所搬入了1960年开始修建，1961年又下马停建。1972年重新复建的的物理实验楼，结束了在集体宿舍和与新疆化学所合用化学楼的历史。并在同年9月成立了“第一届学术委员会”，加强了对学术工作的领导。
1978年3月，“全国科学大会”召开，电子技术研究室的“计算机组”作为“先进集体”受到表彰，有2项成果获得了“全国科学大会奖”。同年10月召开的“新疆科学大会”上，“电子技术研究室计算机组”和“半导体研究室651组”都荣获了“先进集体”奖，有9项成果获“新疆科学大会奖”。
1979年6月，正式成立了中国科学院新疆物理研究所党委。1980年，党委决定成立图书情报资料室，主要是为本所研究工作服务。
80年代初，我国著名科学家马大猷、杨澄中、张钰哲、程开甲、钱临照、徐叙瑢、洪朝生、吕敏等院士都先后来所指导工作，对计算机应用，半导体敏感材料与器件、特别是辐射物理学科的形成和发展都起到了极大地推动作用。美国耶鲁大学电子工程系主任T．P．Ma教授更是3次来所进行学术交流活动，并与辐射物理学科联合进行了“中美基础科学合作研究项目”。研究所的学科方向也逐渐调整、发展成为：辐射物理、电子计算机应用及热敏器件与材料。同时研究室名称也相应地调整为：辐射物理及应用技术研究室、电子计算机应用研究室和半导体器件与材料研究室。
1983年9月4日至12日，根据中国科学院数理学部第8次常委会议决定，由数理学部副主任马大猷先生等国内著名专家组成检查组，对原新疆物理所进行学术调查。调查充分肯定了辐射物理、电子计算机应用及热敏器件与材料3个学科方向，认为 3个学科方向都与应用研究有着关系地密切。提出了《关于加强新疆物理所学术工作的建议》。《建议》经1983年10月数理学部第10次常委会议通过。
学术调查组《建议》认为：“根据该所目前科研工作的实际情况和地处边疆的基本条件，现有的三方面的研究力量，即：辐射物理(主要是核能应用)、微型计算机应用和热敏材料及元件的研究工作已有各自的研究特色，都应继续发展，并互相促进，共同提高。这种状况曾在为边远地区服务方面更易发挥综合性地优势。但是，发展应限于现有的学科和领域之内不断提高和深入，除此之外，暂时还不宜再增加新的研究方向和领域”。
1984年6月，上海原子核研究所将5.5万克镭当量的Co60辐射源转运新疆物理所安装、使用，对辐射物理学科的形成和发展起到了十分重要的作用。
1986年9月2日至7日，中国科学院数理学部组织由程开甲先生任组长，张家骅先生任副组长的评议组，对新疆理化所进行学术评议。形成的《学术评议意见》再次肯定了辐射物理、电子计算机应用和半导体敏感材料与器件3个学科方向。
根据《学术评议意见》研究室的名称调整为：辐射物理研究室、电子计算机应用研究室和半导体敏感材料与器件研究室。同时，又将研究所内的大型仪器设备整合在一起，实行集中统一管理，成立了技术室。
1989年，根据研究所的实际和国内外微型计算机的快速发展，撤消了技术室。电子计算机应用研究室，改为计算机应用研究室。
1989年8月11日，经自治区科委、自治区出版局批准，新疆物理所《科技通讯》确定为自治区第3批非正式自然科学技术期刊，要求文别：汉文；刊期：季刊。《科技通讯》是新疆物理所1974年就开始编印的一种不定期的油印刊物，正式申请出版内部刊物后，以季刊铅印出版内部交流。在1991年8月出版总第29期后停刊。
1994年，为实现研究所的结构性调整，筹建了所级“固体辐射物理实验室”。并聘任了第一位外籍名誉教授、美国耶鲁大学电子工程系主任T．P．Ma教授，担任“固体辐射物理实验室”的名誉主任。
1996年，图书情报资料室撤消，保留的图书资料阅览室划归科技处管理
1997年7月，向中国科学院上报了《新疆物理所改革进程的汇报》，确定研究所的学科发展方向为：固体辐射物理、材料物理和敏感材料与器件研究、信息与控制工程技术。一般学科为：计算机应用、辐射技术应用、半导体敏感器件及其在温度、压力、湿度测量系统在工业应用。结构模式：以开放和流动的形式，建设好“固体辐射物理实验室”和“功能材料研究开发中心”。精选有特点的，有针对性的应用基础工作，以及应用开发的前期任务，带动应用开发工作，带动人才培养，以高、新技术产品和高技术工程，办好4个高新技术企业。
辐射物理学科主要从事固体材料(以半导体为主)辐射物理领域的应用基础研究，包括，电离辐射与材料的相互作用，半导体材料及器件的辐射效应，空间微电子器件的辐射损伤及其抗辐射加固，地面和空间辐射环境的辐射剂量及测量技术等。
辐射物理学科是20世纪70年代末，在原新疆物理所严荣良研究员的带领下，在国内率先开展了以半导体器件辐射效应、辐射损伤机理、辐射加固研究工作为主要研究方向。通过对半导体器件微缺陷和界面特性以及辐射损伤机理的研究，提出了抗核加固的理论方法、技术和工艺，并通过与有关器件生产部门协作，使我国专用CMOS器件抗辐射水平提高了两个数量级，已达到国外同类产品的水平，并已在我国发射的卫星上应用。在电子元器件电离辐射效应、微结构、辐射损伤机理、电离辐射能量沉积和剂量学等研究方面取得了较大的进展。在此基础上开展了电子器件抗辐射加固工艺的研究。承担完成了“掺杂新介质的辐射与热载流子损伤机制研究”、“抗高电离辐射MOS新介质与损伤模拟技术”、“半导体材料和器件的同步辐射光吸收和表面电离辐射损伤”等一系列重点项目。研制的“PMOS剂量仪”成功地用于卫星运行轨道辐射环境的在线测量，多项成果获得国家和中国科学院的高等级奖励。1995年 --- 1998年，原新疆物理所派出三批共7人赴美、美国耶鲁大学2批4人次来新疆执行中美基础科学合作研究项目。已发展成为我国抗辐射加固方面重要的科学技术队伍，并受到国际学术界的重视。与这个领域相关的辐射剂量学、辐射技术应用也取得了不少的成果。
辐射物理研究室建立有：固体辐射物理实验室、钴源室、加速器室、半导体器件辐射物理测试实验室。
固体辐射物理开放实验室
固体辐射物理是核科学技术与凝聚态物理研究各种射线粒子与半导体、金属、超导体、电介质、光学材料、薄膜与功能材料等的相互作用过程和有关物理反应。
20世纪80年代初，“开放实验室”开展了电离辐射与半导体材料器件相互作用为主的研究工作，在MOS辐射感生氧化物及界面陷阱电荷的物理机制、半导体材料、器件的电离辐射效应及其损伤机理模型、电离辐射响应的计算机仿真、抗辐射加固工艺、界面剂量增强效应、微区剂量探测以及辐射响应测试分析技术方面等方面、取得了显著成绩。获得国家、中国科学院、部委各类奖励13次；其中“国家科技进步三等奖”、“中国科学院科技进步一等奖”各1次；专利发明2项。在国内、国际学术刊物、会议发表论文243篇。
敏感材料与器件学科。是20世纪60年代初，根据我国空间技术的急需而设立发展起来的。曾经为我国发射的各种空间飞行器等提供各类型号的温度传感器。
主要从事功能陶瓷材料领域的应用研究，主要研究方向是：功能陶瓷物理、材料功能特性，包括多晶半导体陶瓷微结构、纳米尺寸效应以及这些材料对环境的敏感性研究等，并在材料研究的基础上设计出各种新型传感器，如新型热敏、湿敏、电压敏感材料和元器件、航天和家用电器各种温度传感器、工业过程测温、控温系统等。在高互换、高稳定和特种热敏陶瓷研究开发方面取得了很好的进展，承担完成了“电子陶瓷纳米材料制备研究及应用”、“精密互换热敏电阻研制”、“超小型NTC热敏电阻研制”等项目。获得的研究成果应用于生产，直接推动了研究所传感器产业的发展，获得了显著的经济效益。在热敏材料与器件领域，通过材料物理、新材料、新工艺的研究，已获得十几种性能优良的氧化物陶瓷和晶体敏感材料，研制成功几十种国民经济建设急需的敏感器件，已建成我国第一个以温度传感器为主要产品的研究、开发为一体化的“热敏电阻工业性试验大规模生产基地”，发展成为我国在航天和各种特殊条件下使用的热敏元件的定点研制单位，是国内热敏材料与器件有影响的科研、开发的科研机构。
敏感材料与器件研究室建立起了：材料结构分析实验室、材料物理测试实验室、陶瓷材料制备工艺实验室。
“新疆大学、新疆物理研究所功能材料开发中心” 参与单位有新疆物理研究所、新疆大学物理、化学系和理化测试中心。“中心”通过与兄弟院校的合作、学术交流、联合研究、开展在新型功能材料等领域的研究。
计算机应用学科从20世纪70年代学科起步的初期，就以国际上当时较高层次的方法和技术为起点，在计算机控制、网络与信息系统、智能仪器方面，很快形成了自己的特点：在现代控制理论、方法和工程实现技术及分布式控制系统、UNIX网络、信息系统的分析、设计、开发工具及环境的研究、MIS管理决策方法研究等，在国内占有一定的地位；在计算机应用工程方面形成一整套工程化的管理和实施办法，成为80年代初当时中国科学院几个有能力承担大中型应用工程的研究所之一。在计算机管理信息系统研究开发方面，曾设计和实施多项大型管理信息系统，承担完成了“新疆医科大学第一附属医院计算机综合管理信息系统”等项目，并在工程研究中取得许多软件成果。为新疆国有大中型企业的技术改造，加快自治区信息化建设等方面做出了重要贡献，取得多项自治区高等级的奖励。1992年以计算机应用研究室计算机控制专业组为基础成立了“新疆计算机控制工程公司”。1998年学科科技人员已逐渐整体转入“新疆计算机控制工程公司”，对内仍为计算机应用研究室。主要面向新疆经济建设，从事企业、事业单位及政府机关计算机管理信息系统、网络系统、工业控制自动化系统的研究与开发，研究和设计集控制、生产调度、管理一体化的综合系统等。
计算机应用研究室建立有：计算机系统仿真实验室、计算机网络实验室、MIS开发实验室、微弱信号检测实验室等。
原新疆物理所的科技开发工作从1984年9月，新疆第一家科研、生产联合体 --“中国科学院新疆物理新技术开发公司”诞生，到2001年12月，逐步成长、发展起的新疆传感器仪表公司、新疆计算机控制工程公司、新疆热缩材料有限责任公司，都进入国家级乌鲁木齐高新技术开发区。它们依托研究所的技术、人才优势，加快科技成果的转化，在面向国民经济的主战场中，一步一步地发展壮大起来。
原新疆化学所1956年，新疆分院筹委会的化学实验室筹建由彭加木、陈善明二位先生来疆主持。1959年新疆分院化学研究室成立了：高分子化学、抗生素、分析、有机、生物化学等组。1960年，在化学研究室的基础上，建立了生物化学和无机与分析研究室。
1961年11月1日，原中科院新疆分院化学所成立。主要从事生物化学、盐湖化学及半导体化学方面的研究。设立有生物化学、无机和分析研究室。
1960年 -- 1962年新疆化学所由十几项成果被列为“新疆分院重要科学技术推广项目计划”。主要有：土法生产丙酮丁醇、土法生产糠醛、微生物在勘探石油上的应用、新型交换离子树脂、土农药的应用、畜产品、石油废气、煤焦油综合利用，蛋白酶在皮革工业中的应用、利用抗生菌防治棉病、盐湖的综合考察报告、克拉玛依原油品质和加工工艺等。
从1959--1965年起原新疆化学所为了支援“大跃进”，开始向新疆各地工厂、人民公社、牧场、畜牧兽医站等供应金霉素、土、青、链、赤等霉素、核黄素、酵母、丙酮丁醇、丁酸、乳酸等各类抗生菌，金色葡萄球、固氮、各类根瘤、矽酸盐等菌种，甚至远销江苏、浙江、等地。还为新疆生产建设兵团、厂矿、各大专院校、广播电台修理各类仪器，讲授各类分析方法，解答科普知识，成为帮助他们解决工作中的难题的“科学基地”。
1960--1961年，响应乌鲁木齐市委“开展代食品运动的号召”，集中力量研制出人造肉精、人造肉等替代食品。1962年主要开展了：新疆疑似马脑炎及口蹄疫的生化研究、土碱提锗方法等。
1963年，确定了研究所的发展方向：以畜牧病毒生化和家畜营养生化的研究为主，并进行岩石矿物中稀有、稀散元素的分析方法的研究。2个研究室的方向和任务主要是：
生物化学研究室：以畜牧生化为中心，重点开展畜牧病毒生化和家畜营养生化的研究。主要进行：新疆口蹄疫病毒、家畜营养生化研究。设立了：紫外及可见分光光度、离心、微量电泳、层析、营养分析、电子显微镜等6个实验室和通用化学分析室。为开展病毒生化研究，设有病毒无菌间。
无机化学研究室：以建立中心分析实验室为主。承担自治区工农业生产中一些研究性工作，并开展微量元素分析方法、铬铁矿分析方法的研究。设有无机化学、光谱化学、电化学、火焰光度计、力光分析等实验室和技术组。
1965年研究成果主要有：从羊胰脏中提取组织培养用的胰酶、有机磷计数管的试验及生产等。
1966年，原新疆化学所就开始与独山子炼油厂协作，进行筛选酵母菌种、提高发酵产生的石油酸和利用酵母蛋白等方面的工作。1967年又在独山子炼油厂与中科院有机所协作，建立了我国第一个石油微生物脱蜡装置，为我国石油发酵工业填补了空白点。1970年又抽调7人参加了以石油工人为主体的“科技攻关小组”，解决酵母脱油，缩短发酵周期，提高产量等技术难关。石油化工、煤焦油综合利用的研究2项有机化学工作，也是经过革命大批判，新开展的研究项目。也改变了原新疆化学所只侧重生物化学，而忽视有机化学方面研究的状况。，
从1964年以来，就着手筹建生化方面的中间试验基地，开始建立了胰酶厂，实行“亦工亦研”的方式，一方面加速成果推广，另外也可达到干部蹲点与科研工作、劳动与调查、研究与实践相结合。主要供研制组织培养用胰酶。
1976—1978年，根据学科方向和任务，对研究室进行了重新设置。
石油化工研究室。下设：有机合成、有机分析、催化剂制备、催化剂物化性能测定等组。主要开展以新疆石油资源为原料，有机原料的合成研究。
生物化学研究室。下设：石油发酵、动植物病毒、核酸组等。通过石油发酵研究解决代粮发酵、无粮发酵。并为新疆工农业生产提供饲料蛋白、生物高分子酶、多糖类物质、多种氨基酸、维生素、核酸、有机酸和抗生素等产品。
无机分析研究室。下设：光化学分析、电化学分析、化学分析、电磁气分析组。主要进行新疆环境保护和三废处理中的无机元素分析，并承担动植物和生物制品中微量元素的分析，以及稀有元素矿物地球化学，石油化工和其他化工产品无机分析研究工作。
仪器仪表维修室，下设：无线电仪器、光学仪器、金工车间。主要承担所内中间实验厂和实验室仪器维修、机械零配件的加工。
1980年，把胰酶厂扩建为生化试剂厂。1983年，在安排有关课题组完成研究任务的同时，兼搞生化试剂新产品的试制。试制的产品由1982年的6种发展到26种，试制成功后都转移给生化车间生产。
1983年7月31日至8月4日，汪猷、蒋丽金等著名科学家一行11人，根据中国科学院化学部第九次常委会的决定对原新疆化学所进行了学术评议，确定研究所学科方向为： 表面化学、生物化学、天然产物有机化学、无机化学及痕量分析。
研究所下设：表面化学与石油化学、农牧生化、天然产物有机化学3个研究室以及技术装备室和生化试剂厂。。
1985年初，为加强分析化学工作，将全所的通用有机分析、生化分析、无机分析、计算机等大型仪器设备和人员，实行集中统一管理，组建了中心实验室。
1990年7月3日，国家石油部、中国科学院第三次科技合作工作会议决定：双方联合“建立胶体与界面联合实验室”。由中国科学院的新疆化学所表面化学实验室和大连化物所表面感光化学所、中国石油天然气总公司石油勘探开发科学研究院等的相关实验室联合组成。
主要研究领域是以油田化学、提高石油采收率为背景的胶体与界面学科的基础研究、应用基础研究和应用研究。
主要承担中国石油天然气总公司、中科院下达的研究课题，以及所在单位下达的研究课题，实验室经费来自中国石油天然气总公司和中科院拨发的任务和专项研究费用。
本部设在中科院感光化学研究所；在大连化物所、新疆化学所和石油勘探开发科学研究院各设分部。
1992年，结合新疆有丰富的石油资源以及植物资源，确定优先发展油田化学和农牧生物化学。明确提出了面对市场经济的挑战研究所整体建制转轨，即以应用研究为主转为以科技开发为主的方针，70%的科技人员转入科技开发，长期搁置的试验成果转变为产品，个别产品打入国际市场。
1993年，根据中国科学院“一院两制”的办院方针，研究所技术开发、后勤管理系统先、后创建了新化公司、新疆康迪实业发展有限公司、新亭公司、雪莲新技术公司，与新疆分院合办了毛发公司。
1996年9月，确立了天然气和油田化学开发与应用、生物资源开发与利用为主攻的2大学科的研究方向。并将原有的3个研究室和重新合并为：油田化学及石油天然气开发利用、生物资源开发和综合利用研究室；将原技术装备室、中心实验室等合并到分析测试服务中心。
2000年，围绕自治区党委明确提出了“一黑一白”的优势资源转化战略，在已形成的学科特色的基础上，为了便于学科间的相互交叉、互补，对辅助性技术人员实行了归口结合。将原有的3个研究室进行了调整，形成以油田、天然气化学技术和生物 （应用化学）、生化研究及其产业化 （生物化学）2个研究室。
应用化学研究室：主要从事石油天然气的采、炼技术及在表面化学和植物化学为基础的有机合成技术和植物分离与提取的化学制剂技术。主要面对油田、石化厂、炼油厂、保健品和食品生产制造企业及其它相关企业。从事基础性、前瞻性，关系到国计民生，特别是与新疆经济密切相关的应用基础性研究、技术开发性研究和工程产业化技术的开发、技术决策与技术咨询工作，并参与企业的新产品研制和技术改造工作。
生物化学研究室：主要从事生物和生物化学制品生产技术、转基因技术的植物育种及种业技术、生物酶反映工程技术、微生物技术等的开发与研究。主要面对生物制品、大农业中的种业公司，以发酵及微生物技术为主体的植物及大农业深加工的高技术企业。从事基础性、前瞻性、关系国计民生特别是与新疆经济密切相关的应用基础研究、技术开发性研究和工程产业化技术的开发、技术决策与咨询工作，并参与企业新产品研制和技术改造工作。
原新疆化学所在新老科研人员的努力下，学科方向经历了创建、学科体系形成和优势学科形成这样3个历史阶段。
（1）学科创建时期
1958年，陈善明先生等老一辈科学家带领科研人员根据新疆地区的资源特点，首先开展了动物病毒学的研究，为新疆生物化学的研究开创了局。利用兔肾、牛肾、羊肾和鸡脾等原代单层细胞，进行口蹄疫病毒的研究。采用兔肾细胞培养出的A型III系口蹄疫苗，深受牧区广大牧民的欢迎。利用生产酶蛋白的废弃物，研制出水解乳清蛋白。从羊胰中提取制备组织、培养多种胰酶、产品质量超过美国进口名牌Difeco胰酶。对羊毛理化性能的研究，为新疆畜产品的深加工奠定了基础。
1962—1964，结合新疆国民经济生产发展的需要，开展的煤焦油的综合利用和化锗，并研究了其它化学成分的定量回收，为无机化学研究开创了局面。
1963年3月，购进新疆第1台国产分辨率为50—25A的电子显微镜。
1964年，在彭加木先生的带领下，曾赴南疆且末、若羌、库尔勒、阿克苏等地区调查钾的分布，对流入罗布泊洼地的几条主要河流、钾盐资源进行初步考察，根据气象及河流携带元素测定罗布泊每年可积聚75万吨钾盐，为开创化学学科研究体系的建立奠定了基础。
“文革”期间，基本上是新疆化学所科研工作的“停滞期”。但各民族科研人员并没有完全停止研究工作。1969—1971年仍在石油发酵后处理中的脱味、脱臭工艺进行了研究和发酵试验；以生产工业萘的残渣为原料，合成了甲基二丁磺酸的表面活剂和在多晶硅、生产结晶胰酶等方面进行了研制工作。
1971年，自治区科技会议明确提出：新疆化学所应该在石油化工方面做些工作，结合地方资源，为发展新疆石油化工创造有利的条件。同时，根据新疆农牧业发展的形势，进行利用和有关应用基础的研究。结合专业特点，建立起必要的“分析中心”。
1972—1978年：主要开展了利用乳品资源进行水解乳蛋白的研制；筛选菌种进行工业废渣提取助剂二丁基甲基萘磺酸钠；利用糖蜜发酵谷氨酸制味精；微生物脱蜡生产低凝油的石油酵母制取核苷酸“720”和石油蛋白饲料；进行羟酸代油制漆；进行生物样品中微量重金属分析方法；利用组织培养技术，研究鸡新城疫、羊豆疫苗等的制取方法；克拉玛依原油脱水用化学破乳剂等研制工作。
（2）、学科体系形成时期
从20世纪70 到80年代初，是新疆化学所根据新疆地区的经济发展的需要和国家的计划安排，主要从事应用基础研究，同时紧密结合新疆地方经济发展需要，开展相应的应用研究。学科建设进入快速发展时期，形成了具有区域特色的表面化学、生物化学、分析化学的学科体系，为新疆经济建设和少数民族科技人才的培养做出了贡献。
70年代初，就在生物化学研究领域，由动物病毒研究扩展到对植物病毒、冷冻精液、石油蛋白、羊毛纤维蛋白、蛇毒、免疫学方面的研究。1977年以后，在彭加木先生的指导下，进行了植物病毒的研究，在甜瓜花叶、大麦条纹花叶、玉米矮株、小麦花叶等的病毒叶片中，分离、鉴定出大麦条纹花叶病毒。为我国提供了一种简便、快速、可靠的检疫方法，为消除病毒，提高小麦产量提供了科学手段。
1976—1979年，开展的表面活性剂在油田上的应用研究，先后研制出“Apl7原油破乳剂”和“新疆3号原油破乳剂”，经在克拉玛依油田脱水站试用，一年节约破乳剂用量72吨，燃料油85万吨，回收污水中原油5040吨，这2种原油破乳剂在克拉玛依油田的采用，经济效益十分显著。1978年后，对绵羊精子顶体完整率的研究，提出评价绵羊精子品质指标和精液的功能。
1982年，在大化肥污水处理中提出了沉淀除镍的工艺路线——汽体沉淀法，通过了全国技术鉴定。1983年开展的以人工合成苹果蠹蛾信息素、黄地老虎信息素，投入农田使用，取得很好的效果。再次组织了对罗布泊考察并取样分析，对该地区主要盐类成份进行了研究，为开发、利用罗布泊提供了科学依据。
到1983年，原新疆化学所已经形成：以表面活性剂的合成应用、以羊毛改性的理化研究组织培养胰酶和水解蛋白，以天然有机产物化学与无机痕量分析为主要研究方向的学科体系。
（3）、优势学科的形成时期
1983年以后，原新疆化学所结合新疆国民经济建设的需要，先后进行了2次学科调整。建立起了油田化学研究组，在无醇驱油体系的研究中，对原有的微乳理论提出了新的见解。
1984--1985年完成“等离子光谱分析中再循环喷雾系统特性研究”，提出了一个新理论模型，并成功地解决易燃金属有机化合物取样、进样等技术难题。同时，对哈密瓜、甜瓜等瓜类病毒的研究揭示出病毒有3种主要传毒介体。“破乳剂221的临界胶束浓度与破乳剂性能的关系”研究，为我国界面化学研究做出了贡献。利用轻柴油氧化制取羟基酸，代替食用油制漆。为解决工业与人类争粮、油创出了一条新路。
1985年，在胶体与界面化学方面，先后承担了国家“七五”、“八五”及“九五”的科技攻关任务，对复合驱动提高采收率的方法、机理及配套的破乳剂技术进行了深入研究，承担了国家攀登计划“复合驱强化技术中重大基础性研究”项目。又参加了国家级重大课题“973”项目“强化采油新技术及其矿场实验研究”。原新疆化学所在我国胶体与界面化学学科方面积累了较强的实力。在油田化学方面，为适应新疆石油开发工作的需要，进行了乳状液性质及液--液界面传质机理研究，开发了适用稠油热采，三元复合驱油采出液破乳剂在油田实际应用，取得了明显的经济效益。在破乳剂合成及机理研究方面在国内独具特色。同时，表面化学学科也快速向应用领域扩展，先后开发、研制出了“皮革加脂剂”、“合毛油、地毯清洗剂’、“石油降粘剂”等一系列专利和技术。
1997年，在生物资源开发利用方面，成功地将新疆特有沙生植物大赖草DNA转入栽培春麦，获得了大穗、大粒、粒重、高蛋白、抗病虫的新品系及优良种质，并进行了初步的分子验证，对我国和世界的小麦育种直接提供了有价值的新种质(系)资源。 “高档变色人发”已在新加坡转让。还研制成功了“发酵型枸杞酒”“胡萝卜乳酸发酵饮料”，等10余项专利产品。
1998年，由原新疆化学所主持进行的国家重点“工业性实验项目”，针对自治区丰富的天然凝析油资源，正向气固界面化学延伸，开展了轻烃深加工利用。
在植物化学开发利用方面，对新疆特有的香料、色素及中草药成分的分离鉴定，已初步形成了研究、开发的态势。开发出雪莲系列化妆品等。
2001年，经过几年的学科调整和发展，形成了以天然气、油田化学技术和生物、生化研究及其产业化2大学科方向。
油田化学和天然气化学技术：立足在先进采油技术中的化学过程研究、油田化学剂的研究与开发；天然气化工—油田轻烃综合利用。
大农业开发中的化学及生化研究。立足在新疆特有野生基因特性研究及其培育高产优质抗逆的小麦、棉花新品系；新疆民特药资源有效成分研究、高效利用和新药品开发；棉花基地建设中关键化学剂的技术开发。
三、重要科技成果
（一）原新疆物理所重要科技成果
原新疆物理研究所发展、形成的辐射物理、计算机应用、半导体敏感材料与器件3个学科方向从不同角度为国民经济建设及自治区工农业建设做出了一定的贡献，已完成的科研成果，既有实际应用价值，也具有各自的研究特色。大多数成果已经产生出显著的经济和社会效益。
新疆物理所1961年到“文化大革命”开始的1966年，共取得科研成果20项，其中有代表性的成果有：2Mev电子静电加速器的安装调试；熔炼、提取锗；液面自动控制仪；测温热敏电阻温度计的试制等。
从1966年---1977年，共取得科研成果28项，其中有6项获得省、部级和“科学大会奖”。具有代表性的成果有：691—714卫星用热敏电阻；DJS—k—101数字电子计算机；自动光谱仪；可控硅电弧炼钢装置；N型、P型单晶硅等。
1982年11月27日，在“中国科学院科研成果展览会”上，新疆物理所有20项成果参加了展览会。占中国科学院参展项目的1％，新疆分院参展项目的43％。
具体获奖科研成果见附表（一）
附表（一） 原新疆物理所获奖情况一览表
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成果类型 |
奖项 |
一等 |
二等 |
三等 |
四等 |
其它 |
合计 |
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国 家 级 |
科技进步奖 |
|
|
2 |
|
|
2 |
|
全国科学大会奖 |
|
|
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|
2 |
2 |
|
其它 |
|
1 |
2 |
|
4 |
7 |
|
中国科学院 |
科技进步奖 |
2 |
8 |
12 |
|
|
22 |
|
院“六五”科技攻关奖 |
|
|
|
|
2 |
2 |
|
院重点推广新技术奖 |
|
|
|
|
1 |
1 |
|
新疆自治区 |
科技进步奖 |
1 |
16 |
15 |
2 |
|
36 |
|
科学大会奖 |
|
|
|
|
12 |
12 |
|
发明学会发明奖 |
|
|
|
|
7 |
7 |
|
其它 |
国家、省、部委 |
1 |
6 |
3 |
1 |
3 |
14 |
计算机应用学科：在1978年完成了应用粮仓的“砖砌流化槽烘干机及控温仪 ” 。1979年与新疆大学物理系在乌鲁木齐市肉联完成的“WLZD-1 型制冷工艺过程控制计算机系统 ”采用电子计算机实现冷库制冷工艺自动化在国内的首次尝试，为我国老冷库技术改造，新冷库设计提供了有益的经验并且大大提高生产效率。在减少冷加工食品干耗、省电、节能方面经济效果显著。获得了“自治区科技进步一等奖”。同时，完成的“程序数字控制凸轮轴磨床”和“ CSK-618数字程序控制车床 ”等项目，都是最早将电子计算机控制技术应用到新疆机械数字化加工。
1984年，计算机应用研究达到了国内先进水平。进入到上海的企业承包上海焦化厂“焦炉加热微机最优控制系统”，是国内首次将微机应用于焦炉加热的控制系统。从1983年5月开始进入工业运行以来，仅在一座高炉就取得10万元的年经济效益，《新疆日报》专门为此发表了“评论员文章”。与新疆地质局实验室、北京第二光学仪器厂联合研制成功的“高频等离子体光谱仪计算机系统”，开创了我国发射光谱生产的新起点。
1985年，“XJQI微机织布机监测系统”，在“新疆七一棉纺厂”通过鉴定并投入使用。与北京第二光学仪器厂协作研制“六.五”期间国家38项重点科技攻关项目之一的“7502型光量计”， 在北京通过鉴定。与独山子炼油厂共同研制的“装油台微机自动化控制系统” ，在我国首次实现了微机集中控制多路汽车自动化和仪表智能化，提高装油工效1倍以上。
1986 年 --- 1989年完成了“ 乌鲁木齐市玻璃厂玻璃锅炉微机控制系统 ”和在新疆八一钢铁总厂焦化厂的“焦炉加热微机自适应最优控制系统”，都对加热过程实现了最优控制，减少了污染、降低了劳动强度，提高了科学管理水平。
1994年完成的“新疆水泥厂管理、生产调度一体化系统”建成了自治区企业首家符合国际标准的计算机信息网络系统，实现了生产调度、管理、控制一体化。把管理、生产调度、实时数据采集、控制连接为一个整体。获得“自治区科技进步二等奖”。
2000年研制的“易通2000医院信息管理系统”在自治区大、中、小型十几家医院成功应用，是新疆自主开发的第一个较完整的医院信息管理系统。为推进新疆医疗系统的信息化建设作出了贡献。
半导体敏感材料与器件学科在：1979年完成的“G1 G3型高温热敏电阻” 是用铝锰镍系金属氧化物材料，经1470℃高温烧结而成的半导体，元件高温长期稳定性接近国外同类产品的水平，填补了我国在500～900℃温度范围测温热敏电阻的空白。以及1980—1983研制的“掺金硅可互换单晶热敏电阻”，都获得“自治区科技进步二等奖”。1991年完成的“多成分非晶薄膜热激电导研究” 提出了多成分非晶薄膜的多渠道导电理论，获得“中国科学院自然科学三等奖”。1991年研制的“临界热敏电阻”。研究了掺杂临界热敏材料的相变特性，发展了四元系临界热敏新材料，并已成功地应用于火灾报警、机电保护中，取得了良好的经济效益和社会效益，获得“自治区科技进步二等奖”。 研制的“-50℃～400℃宽温区热敏电阻” 可以实现在-50～400℃范围内连续进行测控温度。
1993年 --- 1996年完成的“液芯光纤分光光度法吸光度的研究”，将光纤理论、光纤技术与光度分析相融合，能实现从有机到无机，从阴离子到阳离子多种元素的超痕量分析。“高性能NTC系列热敏电阻系列研究”采用国内首创的液体化学超微细粉制备、等静压成形、热压烧结、半导体精细加工和自动玻封等新工艺新技术。成果现已批量生产应用于空调机、电冰箱、大哥大、医疗电子及过程控制测温等领域。“深冷电磁铁线圈电阻的温度补偿研究”，解决了我国新型运载火箭长征三号甲、乙丙等高压冷氦电磁阀电磁铁线圈电阻在+50℃～-253℃的温度补偿难题。成果都分别获得“自治区科技进步二等奖”。
1999年，中科院重点项目“温湿电压敏纳米电子陶瓷材料制备研究及应用”，申请国家发明专利10项，改进了材料的性能。对NTC材料改善了材料B值的一致性和阻值的互换性，实现了对传统工艺的革新。在耗散型热敏电阻中得到应用。获得“自治区科技进步二等奖”。
2001年，完成的国家"九五"攻关项目、中科院重点项目 “热敏电阻新材料、新工艺及产业化”，获得“中国科学院科技进步一等奖”。项目围绕NTC系列热敏电阻产业化开发、研究中，创新地解决了NTC热敏电阻材料和工艺的关键技术难题。发明了热敏材料的溶胶凝胶、喷雾热分解及室温固相反应等制作方法，热敏电阻多层复合密封、微波烧结等制作工艺技术；成功制备出成系列的组份均匀、结构致密、易于机械加工、工艺重复性好、可规模化生产的高性能热敏氧化物陶瓷材料，并使热敏电阻芯片的生产工艺简化。所生产的热敏器件精度高、可靠性好，使我国热敏电阻生产技术提高到与国外同类产品相同的水平，产品已在国内大规模替代日本进口产品，并已在我国的航天及民用企业中广泛应用，为促进我国传感器产业的发展做出了贡献。
2001年，集中原新疆物理所热敏材料与器件研究几十年，从配方、工艺、试制到应用都取得全面成绩的“系列化热敏电阻及其应用”，荣获“国家科技进步三等奖”。成果申请专利12项，已授权6项。建成了一定规模的专业化生产基地，仅“九五”期间就上市提供了2000多万支热敏电阻和传感器。1992年，“PW50032型热敏电阻传感器”作为国家级新产品被批准免税2年。“NTC热敏电阻大规模工业生产技术的开发及工试生产基地”被列为国家“八五”重点“工业性实验项目计划”。1993年，新疆物理所把相当一部分科研骨干和生产能力转入了筹建中的“新疆传感器厂”，作为真正具有研究所特色、有市场竞争能力的开发产业实体。
2001年，完成的“多元纳米压敏陶瓷材料及片式器件的研制”研制出的多层叠片式低压大通流压敏电阻器获得“自治区科技进步奖二等奖”。
辐射物理学科在：1980—1983研制的“YZ-1型低功耗野战放射性沾染测量仪”，为部队在核战争中或一般野外条件下，对被放射性物质沾染的粮、菜、水及人体排泄物等样品进行快速测定。
1988年，完成的“外推电离室及电子在人体组织深部剂量分布的研究”对电子束在放疗临床使用提供可靠的剂量依据，使用国产医用直线电子加速器，提高了肿瘤的放疗效果。获得“自治区科技进步二等奖”。
1990年，完成的“辐射合成水凝胶的结构与溶胀特性”研究，用辐射聚合交联的方法，制备了系列的乙烯基均聚和共聚物水凝胶。“七五”国家重点科技项目 “辐射法合成石油磺酸盐的研究”在综合利用原料油方面，具有良好的应用前景。
1991年完成的“医用辐射剂量仪器研制和测量方法研究” 适合于研究医用电子线和X线在与组织等效材料表面和深部剂量分布的测试。获得“自治区科技进步二等奖”。
1994 -- 1995年完成的“普及型照射量测量仪的研制”主要技术指标达到或超过国外同类产品指标。“软X射线辐射剂量的研究”获得了实验测量和理论计算相结合确定单能X射线辐射剂量参数的方法。
1997年 -- 1999年完成的“10KV辐射交联电力电缆热收缩材料及产品质量控制研究” 对三个关键技术进行了研究，提高了产品质量。“材料和器件的X光吸收和表面电离损伤的研究”对分析化合物单晶X光辐射效应机理，研究原子内壳层光电离过程有重要科学意义。“PMOS剂量计的研究与空间应用”，研制出航天设备应用的PMOS剂量计辅助测量电路。“抗高电离辐射MOS新介质与损伤模拟分析技术的研究”为我国抗辐射性能预测、器件加固和筛选提供科学手段，获得“自治区科技进步二等奖”。
1992年11月，“CMOS辐射效应及其加固研究”获得“国家科技进步三等奖”，是原新疆物理所第一次获得国家级科技成果奖；同时，“抗辐射加固技术——元器件新结构新工艺研究”，又获“中国科学院科技进步一等奖”，这是新疆物理所建所以来获得的中国科学院奖等级最高的成果奖项。
原新疆研究所紧密结合国家经济建设的需要，承担、完成了一批国家科技攻关、国家863、高技术、国家自然科学基金、中国科学院及自治区重大、重点科研项目。具体情况见附表（二）;获得了多项授权专利见附表（三）；在国内外学术刊物、会议发表了大量有学术价值的论文，出版了近10篇专著，见附表（四）。从1981年派出第一个访问学者出访培训，陆续出国学习深造、组团考察，参加国际会议的人员逐年增加。国外来访参观、考察，进行学术交流，共同国际合作项目。派出和来访的国家有美国、日本、德国、意大利、香港等国家和地区，详见附表（五）。
附表（二）原新疆物理所重大科研项目情况
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国家级 |
中科院 |
自治区 |
国际合作 |
其它 |
合计 |
|
新疆物理所 |
65 |
55 |
31 |
7 |
8 |
166 |
附表（三）原新疆物理所专利申请、授权情况
附表（四）原新疆物理所发表论文情况
|
|
SCI |
EI |
国内论文 |
国外论文 |
学术会议交流 |
出版专著 |
|
新疆物理所 |
|
|
297 |
49 |
11 |
9 |
附表（五）原新疆物理所国际学术交流情况
| |
国际学术交流研讨会 |
出访团 |
来访团 |
合计 |
|
新疆物理所 |
14 |
67 |
26 |
107 |
五、新疆化学所获奖成果
原新疆化学所紧密结合新疆国民经济建设和丰富的资源特点，在油田开发、石油化工、病毒生化、小麦育种、环境保护、植物资源和畜产品的开发利用和分析化学研究方面都获得了许多重要成果，受到国家、中国科学院和自治区的奖励。具体情况见附表（六）。承担、完成了一大批国家、中国科学院、自治区的重大科研项目、国际合作项目等，具体见附表（七）。
附表（六）： 原新疆化学所获奖情况一览表
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成果类型 |
奖项 |
一等 |
二等 |
三等 |
四等 |
其它 |
合计 |
|
国 家 级 |
科技进步奖 |
|
|
1 |
|
|
1 |
|
中国科学院 |
科技进步奖 |
|
|
4 |
|
|
4 |
|
技术改进奖 |
1 |
2 |
1 |
|
|
4 |
|
科技成果奖 |
|
2 |
|
|
|
2 |
|
新疆自治区 |
科技进步奖 |
1 |
2 |
11 |
2 |
|
16 |
|
科学大会成果奖 |
2 |
|
|
|
10 |
12 |
|
科技成果奖 |
|
|
|
1 |
|
1 |
|
其 它 |
农垦部科技奖 |
2 |
|
|
|
|
2 |
附表（七）原新疆化学所重大科研项目情况一览表
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国家级 |
中科院 |
自治区 |
国际合作 |
其它 |
合计 |
|
新疆化学所 |
45 |
21 |
21 |
4 |
|
91 |
1979年完成的“麦类条纹花叶病的研究”，总结了病状特点，验证了种子、母株传毒的传布途径，并提出了一套行之有效的检验办法和防治措施，为新疆防治和控制及消灭麦类条纹花叶病提供了理论根据；“颗粒体病毒及其防治黄地老虎的研究 ”为新疆采用生物防治黄地老虎开辟了新的途径。都获得了“ 新疆科技成果一等奖”。
1980—1983年完成的“苹果蠹蛾性信息素的人工合成及其应用”是生物防治的一种新手段，对人畜无毒性，不伤害天敌，有利于生态平衡。
1980年，“AP17原油破乳剂”获得“中国科学院技术改进奖一等奖”；1985年，又获得“国家科技进步三等奖”。“AP17原油破乳剂”与原用的“22064破乳剂”相比较具有用药量少、破乳温度低、净化油含水率低、污水含油率低等的明显特点，经济效益十分显著，并已投产使用。
1986年，进行的“包虫病的点免疫结合诊断法” 首创了包虫病的点免疫结合诊断法，并研制成包虫病点免疫结合试验试剂药盒，为流行病学调查提供了便利条件。
1988年，完成的“新疆-2034原油破乳剂的研究与应用 ”，与美国TRETOLITE国际集团所属公司的“RP－3001破乳剂”脱水试验相比，具有处理温度低，加入量少，化学性能稳定，出水净的特点。具有较好的经济效益。获得“新疆科技进步一等奖”。“新疆主要粮食、饲料、饲草氨基酸分析数据手册 ”对新疆各自然区域的200多个粮食、饲料、饲草中的脂肪、水分，粗蛋白和18种氨基酸进行了完整地分析。
1989年，完成的“新疆地产花粉试验和应用研究”表明花粉对提高运动员的生化机能、免疫功能，提高运动成绩，效果非常显著，新疆地产花粉比内地花粉具有更强的优势。
1990年，完成的“新疆几种昆虫病毒的超微结构及生物化学研究”对新疆特有的几种昆虫病毒资源进行了分离鉴定研究 。“绵羊睾丸中LDH-X(同功酶)特性和生理功能 ”阐明了LDH-X的活性与精子密度，与精子代谢过程和受精力有特异性作用。“冻干新生小牛血清 ”产品达到优质水平。“米特山羟抗肿瘤药物的研究”设计、合成了具有一定肮肿瘤活性的18种苗蕙酮类化合物。
1991年，完成的“驱虫斑鸠菊抗白癜风成分研究”对新疆特有民间药物驱虫斑鸠菊的研究，阐明了特有的化学成分，确定了药用价值。“棘球蚴抗原的纯化、生物素-抗生物素系统的建立及对棘球蚴病患者IgG、IgE免疫应答研究”，对棘球蚴病的免疫学研究，药物治疗效果观察，流行规律研究都有较大的意义和应用前景。“表面活性剂结构与相行为关系 ”，发明了无醇体系配方，为我国三次采油研究探明了一条进行“共驱研究”的新途径。“新疆民间药用植物有效成分的研究 ”对骆驼蓬、驱虫斑鸠菊、园柏等的研究，发掘和寻找民间药用植物中具有生物活性的物质，阐明了其化学结构。
1992年，完成的“用于新疆煤田,煤矿自然火灾的阻化剂研究”， 研制出1 -- 2种适于新疆煤田、煤矿防止自燃火灾的阻化剂配方。“猪五号病灭活疫苗生产新技术研究”在国内首次用微载体培养BHK21细胞，繁殖FMDV、BEI灭活，制成了合格的疫苗。“斑点免疫结合法检测植物病毒 ”研究出一种实用的植物病毒检测方法。
1993年，完成的“用废铬革生产饲料蛋白工艺的研究及应用”不仅解决了制革厂大量废固体物的污染问题，而且可为饲养业提供大量优质动物性蛋白饲料。“新疆克拉玛依油田9区稠油脱水剂的研制和应用”采用正交法合成、复配稠油破乳剂，经过近3年的生产应用，达到了国家"七五"计划下达的指标。
1994年，完成的“新疆药用阿魏新资源开发研究” 解决了药用阿魏的需求,开发出系列新品种。
1996年，完成的“新疆大赖草DNA导入小麦培育小麦新品系或特殊种质研究”建立了新疆大赖草DNA分离纯化、片段克隆及电泳图谱等技术和DNA导入小麦的转化技术，首次将其DNA片段（基因）导入小麦，获得一大批不同类型的小麦新种质（系），并进入大田试验；建立了转化后代的分子生物学检测和小麦花粉粒培养技术。获得“新疆科技进步二等奖 ”。
附表（八）原新疆化学所专利申请、授权情况一览表
附表（九）原新疆化学所国际学术交流情况一览表
| |
国际学术交流研讨会 |
出访团 |
来访团 |
合计 |
|
新疆化学所 |
27 |
12 |
29 |
68 |
四、新疆理化所学科方向和科研工作的发展与演变
2002年5月，新疆理化所根据新疆地区经济和社会发展的战略及市场需求，确立的重点学科领域为：生物（植物）资源化学和材料科学技术。研究方向集中在：材料科学及应用技术、生物（植物）资源转化的化学化工系统工程研究方面，同时在辐射物理、特种传感器以及信息技术和控制技术等领域开展研究工作。开发工作的重点是石油天然气强化开采和深加工技术，围绕新疆信息化的计算机应用与信息技术，以及传感器产业化关键技术，化工与生物工程技术。
重点学科与开发的重点产业领域的组织建设为：资源化学研究室、功能材料与传感器研究室、辐射物理研究室。与乌鲁木齐经济技术开发区（国家级）共建“新疆精细化工工程中心”：建立新疆重点实验室“新疆植物资源化学实验室和一个所控公司。
明确提出了“油田轻烃的综合深加工和利用”、“多晶氧化物半导体微结构的修饰和控制”、“构建新疆特有生物资源的名特药物开发高技术平台”、“糖脂肪酸脂表面活性剂中试”、“数字新疆关键技术研究”、“抗辐射加固共性关键技术研究”、“极端环境条件下的特种传感器研制”等6项战略高技术创新项目和“高精度NTC温度传感器及其产业化”等3项促进高技术产业化的目标。
2006年10月16日，新疆理化所与中国科学院签署了《知识创新工程三期工作任务书》明确研究所重点学科领域为：资源化学、材料物理与化学、信息技术
主要研究方向为：
（1）资源化学主要研究方向：民族药现代化 绿色化学化工
（2）材料物理与化学主要研究方向：敏感材料与器件、新能源材料与复合材料、固体辐射物理
（3）信息技术主要研究方向：根据新疆信息化建设发展规划，结合新疆的地域优势和多语言文化特色，针对多语种（维、哈、柯及阿拉伯文）语言特点，采用先进的技术框架，开展多语种信息处理技术研究和应用，形成多语种信息技术支撑体系和平台。
根据新疆经济建设和发展的战略需求，对学科进行优化调整：将原有的生物资源化学、精细化工和石油化学化工整合为资源化学研究方向；将原有的辐射物理、敏感材料与器件，与新规划的新哪样材料与复合材料整合为材料物理与化学方向。经过调整优化，设置资源化学、材料物理与化学、信息技术3个研究室。
支撑部门设置：分析测试中心、辐射中心、网络信息中心
为了更好地协调、组织、管理相应学科的建设，在学术委员会中设立资源化学、材料物理与化学、信息技术三个专业学部。
2007年6月15日，为加强研究所的科研业务组织与管理，推进研究所内学科的融合，提高对外竞争力，经所长办公会议讨论决定，成立了资源化学、材料物理与化学、多语种信息技术3个研究室。技术支撑部门：分析测试中心、辐射中心和网络信息中心
新疆理化所积极推进科技创新，继续为我国的航天事业和国家安全建设，为促进新疆经济与社会全面发展，紧密结合新疆优势资源转化和新兴产业，开展了多方面的技术研究和项目研究,取得了多项科研成果。科技工作取得较好进展，逐渐夯实了承担重大项目的能力。科研工作更加注重区域性和特色性，在优势资源转化、多语种信息技术、维药现代化等领域发挥着骨干引领作用。
1、截至2007年底，新疆理化所先后承担了国家863、973、国家自然科学基金等项目情况见附表（十）。荣获“新疆科技进步一等奖”1项；“新疆青年科技奖”3项；成果鉴定4项。
附表（十）新疆理化所承担重大科研项目情况一览表
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|
国家级 |
中科院 |
自治区 |
国际合作 |
其它 |
合计 |
|
新疆理化所 |
26 |
44 |
36 |
15 |
23 |
144 |
| |
|
|
|
|
|
|
2、成果产出、科技论文和专利水平进一步提高，申请国家专利受理、授权情况见附表（十一），在新疆专利申请与授权总量百强中（自1985年至2007年9月20日）排名第一。产出的成果符合新疆发展建设需求和我国航天、国家安全发展战略，对推动科技进步、加快少数民族脱贫致富、以发展促稳定具有重要战略意义。并取得一批具有自主知识产权的关键核心技术，发现新疆特有植物中的3个药用先导化合物，首先建立了新疆维药物质资源库；攻克维哈柯文信息处理的8个关键技术，形成了5个软件产品；拥有极端环境条件下应用的热敏、压敏材料制备核心技术25项；实现臭氧氧化、过氧化氢氧化、生物酶催化在精细化工应用中的5项绿色合成技术；建立低剂量率辐射损伤增强效应的快速鉴别技术和方法；发现新型深紫外、蓝绿非线性光学晶体材料各1种等等，为研究所可持续发展打下良好基础。发表学术论文数量、水平都显著提高，具体情况见附表（十二）。并制定企业标准4项，软件登记1项。
附表（十一）新疆理化所专利申请、授权情况一览表
附表（十二）：新疆理化所发表论文情况统计表
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|
ISTP |
SCI |
EI |
国内论文 |
国外论文 |
学术会议交流 |
出版专著 |
|
新疆理化所 |
5 |
45 |
8 |
380 |
65 |
92 |
2 |
3、更加主动、广泛地开展了具有区域特色的对外交流与合作，具体见见附表（十三）。与乌兹别克斯坦科学院建立起长效合作机制，来所进行项目长期合作研究的2名专家，分别荣获2006、2007年度“中国天山奖”。 与莫斯科大学化学系等签署了涉及人员互访、共同培养研究生、合作进行国际项目申请的《合作备忘录》。与俄罗斯新西伯利亚软件所签定了多语种软件开发《合作备忘录》。在与哈萨克国立大学互访学者多年合作的基础上，获得了国家科技部支持，与独联体、东欧国家政府间科技合作项目。研究所聘任国外名誉和客座研究员累计17人，与国外人员合作发表论文25篇。执行了国际合作项目8项，其中“政府间科技合作项目”1项，“国家引智项目”7项。由于加大了在中亚地区人才引智的力度，使科研团队和人才队伍结构得到优化。同时，还积极联合中亚5国的科学家，以新疆优势资源为研究平台，筹建互补合作机制的非法人研究单元，在开拓和建立战略性科技合作局面方面也做出了积极探索。
2006，2008年成功主办了“新疆特有植物资源及生物活性”、“首届可食植物资源及活性成分”国际研讨会。参会国内外专家、学者250多人,其中两院院士7人。2007年，还举办了中美双边学术交流国际会议。
附表（十三）新疆理化所国际学术交流情况一览表
| |
国际学术交流研讨会 |
出访团 |
来访团 |
合计 |
|
新疆理化所 |
20 |
258 |
85 |
363 |
4、新疆理化所重要科技成果
国家863项目“典型星用电子元器件和电路辐射损伤的低剂量率增强效应研究”，瞄准目前国内外尚未解决的难题，为在空间低剂量率辐射环境下航天器的可靠性保证提供理论支持，取得了大量国内外首次获得的最新研究成果，为进一步制订我国实用的、目前美军军标无法评判的低剂量率辐射损伤增强效应的评估规范奠定基础。项目在国家863专家组的中期和结题验收中均评为“A”。 2005年6月，已将新疆理化所列为“十五”抗辐射加固预研项目辐射效应考核验收的认证单位。
“特种热敏电阻器、压敏电阻器的技术升级与改造”项目对特种热敏电阻器、压敏电阻器进行技术升级改造和特种热敏电阻器、压敏电阻器的科研、生产平台建设，以适应现代科学技术和我国航天科学技术现代化的需求。
新疆理化所与中国科学院其他兄弟研究所联合协作，根据新疆资源转换战略的需求，实施了5项“西部行动计划”项目：
“新疆特色资源沙枣胶多糖的综合开发利用”，以新疆特色资源沙枣胶替代阿拉伯胶（进口）在食品也医药等方面应用为目的，在新疆建立沙枣树的种植沙枣胶科学采收基地，通过引进长春应化所技术并集成创新，形成了自主知识产权。为使新疆资资源优势变为经济优势，大规模生产和应用沙枣胶提供了技术保证。
“新疆雪莲规模化组培快繁技术研究”（与过程所合作）通过成果鉴定。取得了多项自主知识产权，填补了该领域多项国内外空白，为实现新疆雪莲规模化人工种植奠定了基础。首次系统地研究了新疆野生雪莲，已在天池、奇台建立了雪莲培育基地，种植雪莲约30万株。经测定，人工种植雪莲的有效成分含量达到天然雪莲指标，开辟了特色资源规模化可持续利用之路。
“新疆草花总黄酮抗血栓制剂的研究”项目，对草花进行了有效成分的提取，并对得到的总黄酮进行了药效学的研究，发现其除具有抗炎、免疫等方面的作用外，还具有血小板聚集及抗血栓的作用。
“西部行动计划”项目的开展，不仅使新疆理化所在新疆高技术领域的影响力增强，科技水平得到提高，更重要的是聚集了中科院内许多优秀的科技力量投身于西部大开发的国家战略中，也为研究所优秀科技人员的成长起到了推动作用。
“基于国产Linux系统的综合资源应用系统关键技术与应用研究”项目，2004年11月先后通过科技部863项目专家组的正式验收及自治区科技成果鉴定，获得了专家组的一致好评，最终验收结论为“优”。2005年荣获新疆IT行业第一个“新疆维吾尔自治区科技进步一等奖”。为自治区电子政务和信息化的持续发展奠定了应用人才基础，并极大的提升了新疆电子政务的建设和应用水平。利用拥有自主知识产权的“西北星信息发布系统”开发成功的新疆“中小企业信息化网络服务平台（西部商易网站）”，是“新疆制造业信息化示范工程项目”中两个建设平台之一，平台的开发成功，为新疆企业信息化建设，特别是为企业在信息服务、信息发布方面提供了低成本的网站建设服务平台。
“新疆民族药开发技术平台及药用植物成份的应用研究”、“新疆草花总黄酮抗血栓制剂的研究”，分别通过专家验收。完成了2个维吾尔药验方中抗糖尿病及其并发症活性组分初步筛选，新疆草花总黄酮抗老年痴呆有效部位的新药研究，维吾尔药老鼠瓜抗风湿性关节炎有效部位的新药前期研究。建立的维药化合物样品资源数据库被列入“新疆2005～2015年科技促进医药产业发展行动纲要”；“草花等特色创新品种临床前研究”获国家科技支撑计划项目立项；“卡森有效部位新药研究”获自治区重大专项支持。取得的成果对促进新疆优势资源的开发及地方经济的发展，推进维药现代化具有积极的作用。已成为新疆及中亚地区开展民族药现代化研发的主要力量。
国家科技攻关西部开发重大项目“鹰嘴豆降血糖功能产品研究与开发”通过专家组验收、鉴定。开发出适于糖尿病人食用的“香水河”牌等一系列的鹰嘴豆营养产品，建成2000亩鹰嘴豆有机食品种植基地。鹰嘴豆综合开发技术无偿转让贫困县新疆木垒县，到2007年底，木垒县鹰嘴豆种植地已达10万亩，种植农户达7600余户，农民每户年增收2575元，鹰嘴豆种植及深加工业已成为木垒县脱贫致富的支柱产业，为边远贫困地区脱贫致富作出实质性贡献。
新疆高技术计划项目“跨平台维哈柯文办公套件的研发”开发了具有自主知识产权的软件产品，解决了多个关键技术，软件产品已在新疆政府办公、远程教育、中小学双语教育等领域得到广泛的应用，销售软件一万多套，实现直接经济效益500多万元。
完成了总装备部下达的极端环境下2种新品热敏元件的研制；研制生产的特种敏感元器件，成为国家指定型号，保证了“神舟六号”、“嫦娥探月”及其他航天、国家安全任务的需求。也在国家航天、安全科研、生产领域不可替代的作用更加显现。
组织开展的一批原始创新性科研工作,不仅引领着区域科技的发展,而且为研究所的可持续发展夯实了基础。
“新型纤维素氨基甲酸酯的合成和纺丝工艺”开展的可降解黏胶长丝纤维工艺是纺丝材料领域的原始创新技术，已完成中试，各项指标符合纺丝工艺要求；工艺生产全过程是绿色的，安全无毒，无污染，社会效益巨大；已申请国家发明专利4项；实现工艺产业化将替代现有黏胶传统工艺，市场前景广阔。已被自治区推荐为国家科技支撑计划。
中国科学院项目“新型无机功能晶体材料的合成、结构和性质的研究”依据区域储量丰富的铋矿、硼矿和钡矿优势资源，建立了高温溶液法晶体生长和性能测试实验室；在国际上首次生长出20mmx10mmx8mm钡铋硼酸盐晶体，可望成为适用于蓝绿激光变频技术的新一代非线性光学晶体材料。已申请国家发明专利2件，美国发明专利正在申请中。通过项目的实施，已建立起光电功能材料科研团队，并得到自治区高技术发展专项支持。
新疆理化所科研基础平台建设跃上了新台阶。现有的新疆植物资源化学重点实验室、新疆精细化工工程技术中心、特种热敏、压敏元件研发生产平台；大型仪器分析测试中心、辐照中心、信息情报中心3个技术支撑平台；新疆乃至中亚唯一的新药筛选技术平台和国内唯一的维哈柯文软件产品测试平台等，为研究所引进人才、提升创新能力打下了良好基础。
通过凝炼科技目标，争取重大项目来稳定和用好现有人才。已经形成了以青年科技骨干为主体的干旱区生物资源利用、优势矿产资源高值化、无机光电功能材料、多语种信息技术、国家航天科技等团队。
通过加强与东部研究所的协作，切实发挥了“桥头堡”作用。已与兰州化物所、过程所、大连化物所、上海药物所、声学所、自动化所建立长效的人力资源共享平台和双赢的战略合作机制。同时，积极开展与有关研究机构和院校的合作交流。与新疆大学、新疆医学院等开展了联合培养博士研究生和共同承担自治区科研项目的合作。与北京大学、上海药物所、江南大学达成共建“可食植物资源功能成分联合实验室”。
新疆理化所已经构建起了“五位一体”的科技支撑平台。1个自治区级重点实验室：新疆植物资源化学重点实验室。5个科技创新平台：光电功能材料研发平台、特种热、压敏研发平台、维药活性筛选技术平台、多语种软件测试平台、辐射效应评估技术平台、药用植物组培与生物育种平台。1个非法人研究单元：中亚特有植物资源可持续利用研究中心（筹）。
1个自治区级工程中心：新疆精细化工工程中心。3个产业化孵化转移平台：新疆中科传感有限公司、新疆西北星信息技术公司、新疆雪莲新技术有限公司
四、研究生培养概况
1982年，原新疆化学研究所开始先后与中国科学院上海生化所、上海药物所、上海有机所、上海生理所、北京化学所等合作培养硕士研究生的工作。
1987年，经国务院学位委员会批准，授予新疆化学所有机化学专业硕士研究生学位授予权和单独考试权。
1994年，同中国科学院兰州化学物理研究所、上海药物研究所等开始了在职博士生的合作培养工作。1995年开始在中国科学院内部的15个化学类的研究所中进行了联合招收有机、生物化学、物理化学等专业硕士研究生工作，进一步提高了人才培养能力，扩大了生源的数量。
1983年，原新疆物理研究所开始招收研究生，因暂无硕士学位授予权，就先采取委托兄弟院所代培的方式招收了3名硕士研究生，到1991年6月共招收硕士研究生33名，其中有30人毕业，18名留研究所工作，5人攻读了博士学位。
1991年11月，经国家教委学位委员会批准，原新疆物理所为电子材料与器件、计算机应用2个专业的硕士学位授予单位。从1991年 --- ２００１年的11年间，原电子材料与器件专业改为了微电子学与固体电子学专业，同计算机应用技术专业的硕士学位授予点一起，共招收和培养了51名硕士研究生。
2001年3月28日，新疆理化所成立时，设有计算机应用技术、有机化学、材料物理与化学、微电子学与固体电子学等4个硕士授予点。
2005年，新疆理化所经国务院学位委员会批准，设立了有机化学专业博士研究生学位授予点。经国家人事部批准，设置了2006年，经国务院学位委员会批准，增列了微电子学与固体电子学专业博士研究生学位授予点。2008年经国务院学位委员会批准，又增列了计算机应用技术专业博士研究生授予点。
目前，新疆理化所共设有有机化学、计算机应用技术、微电子学与固体电子学3个博士培养点以及计算机应用技术、有机化学、材料物理与化学、微电子学与固体电子学等4个硕士授予点和“新疆精细化工工程中心”企业博士后流动站。
新疆理化所不断完善管理机制，加强硕士、博士生的教育和培养，制定和健全了《硕（博）士学位授予工作细则》、《提前攻博》、《硕转博》、、《西部学子奖学金的实施细则（暂行）》等一系列规章制度，以及博士毕业生留所工作支持计划，使研究生教育工作进一步规范。为研究所知识创新工程人才队伍和团队建设注人了生机和活力。具体研究生招生情况见附表：
附件（十四）原新疆物理与化学所和新疆理化所研究生教育情况一览表
|
年份 |
新疆化学所（2001年前） |
新疆物理所（2001年前） |
2002 |
2003 |
2004 |
2005 |
2006 |
2007 |
合计 |
|
研究生 |
|
硕士生 |
96 |
84 |
30 |
36 |
34 |
30 |
34 |
35 |
379 |
|
博士生（委培或代培） |
16 |
11 |
|
|
|
8 |
7 |
10 |
52 |
|
合计 |
112 |
95 |
30 |
36 |
34 |
38 |
41 |
45 |
431 |
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